基因数据库

2016-09-20 14:25:17   0  举报

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基因数据库是一个存储和整理各种生物体遗传信息的大型数据库。它包含了从不同物种中提取的DNA序列、基因结构、功能注释等信息，为科学家提供了研究基因表达、变异和功能的宝贵资源。通过对这些数据的分析和挖掘，研究人员可以揭示生物体的遗传规律，发现与疾病相关的基因突变，从而为疾病的预防、诊断和治疗提供重要依据。此外，基因数据库还有助于推动生物技术的发展，为基因工程、药物研发等领域提供关键信息。随着测序技术的不断进步和成本降低，基因数据库的规模和质量将不断提高，为人类健康和生物科学研究带来更多突破。

作者其他创作

大纲/内容

TCGA

IDcancer typecancer ProgramProjectDisease typegenderAge at diagnosisvital statusdays to deathracesnvFusionCNVraw data

主表

ICGC

IDnamedeptrole

病人诊断信息

IDClassification of TumorAlcohol IntensityAge at DiagnosisDays to BirthDays to DeathDays to Last FollowupDays to Last Known Disease StatusDays to RecurrenceLast Known Disease StatusMorphologyPrimary DiagnosisPrior MalignancyProgression or RecurrenceSite of Resection or BiopsyTissue or Organ of OriginTumor GradeTumor StageVital StatusCreatedUpdated

clinvar

1.Disease2.Chrosome3.Gene.Start4.Gene.Stop5.Chain6.Var.Assembly7.Var.Start8.Var.Stop9.Reference10.Alternative11.CDS12.Type13.Consequence14.Significance15.Status16.Title17.Sig18.Symbol19.vcfpostion20.vcfref21.vcfalt

药物数据库

1.药品通用名(Aldesleukin)2.中文名(重组人白介素-2)3.商品名(Proleukin)4.作用靶点(IL2RA，IL2RB)5.适用疾病(黑色素瘤，肾癌)6.应用条件(转移性肾细胞癌(mRCC)成人患者...)7.作用机制(该品的生物活..)8.FDA最新说明书9.研发代码10.上市时间11.原研商12.药物类型13.适用癌种14.备注

COSMIC

1.Gene name2.Accession Number3.Gene CDS length4.HGNC ID5.Sample name6.ID_sample7.ID_tumour8.Primary site9.Site subtype 1Site subtype 210.Site subtype 311.Primary histology12.Histology subtype 113.Histology subtype 214.Histology subtype 315.Genome-wide screen16.Mutation ID17.Mutation CDS18.Mutation AA19.Mutation Description20.Mutation zygosity21.LOH22.GRCh23.Mutation genome position24.Mutation strand25.SNP26.FATHMM prediction27.FATHMM score28.Mutation somatic status29.Pubmed_PMID30.ID_STUDY31.Sample source32.Tumour origin33.Age