全局故事线
因为科学家杨冬的死，大史找到科学家汪淼，前往‘科学边界’组织中探听消息。并且在各个角度告知汪淼可能存在外星人的真相。
汪淼通过大史的消息，得知很多科学家都在研究一个叫‘三体’的游戏，也开始玩起了这个游戏。<br>
在三体游戏中，汪淼经历了初创纪元，不断经历文明毁灭和重组，在其中出现了一些重要的虚拟人物，比如秦始皇、墨子、周文王、亚历山大、牛顿等等。
三体游戏是根据三体文明来建立的，利用地球文明的元素打造了三体文明的现象。
通过三体游戏，汪淼被选中可以参加线下的玩家聚会，谁知这个聚会是地球三体组织为了吸纳对地球文明抱有敌意的学者。
汪淼成功潜伏到地球三体组织中，世事无常，竟然在三体组织中，碰到了一个意想不到的人，就是三体组织的领袖，叶文洁，也是死去的杨冬亲生母亲。
故事进展到这里，开始了叶文洁的回忆，也是地球三体组织的来源。是全书最精彩的部分，也是整个三体故事的核心，一个宏大的科幻背景就由此而来。
叶文洁的回忆，是从文革开始的，然后经历了红岸计划，并且阐述了在红岸基地的一些故事，后续因为对人性的失望，私自向太空发送信息。
叶文洁向太空发送的信息，得到了回应，也就是三体世界的回应，不过是三体世界的一个最普通的人，他因为不满三体世界冷漠的文化。所以告诉叶文洁，不要回答，不要回答，不要回答。
叶文洁虽然接收了不要回答的消息，但是此时的叶文洁已经对人性极度失望了，所以毅然决然的回复了三体世界，告诉了三体世界具体的坐标和恳求他们解救地球文明。
叶文洁在发送了消息后，又杀死了她的丈夫杨卫宁和长官雷志成。随着红岸计划的落寞，叶文洁在一个小山村定居，生下了和杨卫宁的孩子，也就是杨冬。<br>
叶文洁在偶然间，遇到了伊文斯，了解到伊文斯的经历，也了解到了伊文斯对人性的鄙视和不屑。两个人一拍即合，加上伊文斯有着巨量的财富，正式开始地球三体组织的建立。<br>
地球三体组织的建立，是以叶文洁为领袖，这里的领袖更像是一个思想领袖。因为叶文洁并没有参与到实际的任何工作中，只是在重要决策上给出一定的引导。整个地球三体组织分为两个派别，拯救派和降临派。拯救派倡导和三体文明在太阳系和平共存。降临派倡导毁灭地球文明，即使牺牲掉自己。
伊文斯建立了第二个红岸基地，开始为三体文明降临做准备，并且在地球上制造一系列的抗击计划。<br>
三体世界，向地球发送了两个质子，这两个质子携带着人工智能来到地球，将地球的技术核心锁死，不再让地球技术实现突破进展，并且三体世界是可以通过质子观察探测到地球，并且可以实时的下达指令。伊文斯是首先接收到质子的人类。
三体世界发送过来的质子，是可以监视着地球上所有事情的，无论是你在地球的任何地方，都能被察觉到。<br>
因为汪淼和其他情报人员的线索，地球上各个国家都知晓了三体世界的存在，并且针对伊文斯的第二个红岸基地展开了古筝行动。
通过古筝行动的顺利完成，地球各国家也都知道了质子的存在，顿时所有知道这个消息的人都陷入了无尽的恐惧中。
第一部的最后，质子向人类发送了一句话，将整个故事完全带入到了这个科幻世界中，那就是：“你们是虫子。”
