HE相关分析
2016-01-03 20:17:49 1 举报
HE相关分析是一种统计方法,用于研究两个或多个变量之间的关系。这种方法通常用于社会科学、医学和市场研究中,以确定一个变量的变化是否与另一个变量的变化有关。例如,研究人员可能想要了解一个人的教育水平是否会影响他们的收入。在这种情况下,他们会使用HE相关分析来比较两组数据:一组是不同教育水平的人的收入,另一组是相同教育水平的人的收入。如果数据显示,随着教育水平的提高,收入也会相应地增加,那么我们就可以说教育水平和收入之间存在正相关关系。反之,如果数据显示,随着教育水平的提高,收入反而减少,那么我们就可以说教育水平和收入之间存在负相关关系。
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大纲/内容
HE交换分析过程图
4.通过gtf文件得到每个基因所处的窗口位置,利用bedtools工具得到高覆盖double region中包含的基因id。(perl程序)
5.通过对应关系,找到对应同源基因所处的低覆盖区域(perl程序)
6.以低覆盖区域对应的高覆盖区域为rownames,样本名为cownames,按照高覆盖染色体区域从低到高进行排序汇总结果。(perl程序)
3.计算出每个样本的平均值和中位值,以中位值1.5倍作为标准,寻找double region。(perl 程序)
2.将窗口文件同经过处理的bam结合得到每个窗口测序深度。(bedtools 工具)
1.将染色体划分窗口。(bedtools工具)

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