流程图
2016-07-15 14:11:45 0 举报流程图是一种图形化表示过程或操作的步骤的工具。它通常由一系列的节点和连接线组成，每个节点代表一个特定的步骤或决策点，而连接线则表示步骤之间的顺序或条件关系。通过流程图，人们可以清晰地了解一个过程的整体结构、各个环节之间的关系以及可能的异常情况。流程图常用于描述复杂的业务流程、工作流程、程序设计等领域，有助于提高工作效率、减少错误和优化流程。
作者其他创作
大纲/内容
cross-species contamination detecting
对应中文QC报告排污结果\t+ 可以展示top5的物种分类情况\t+ 该部分注意措辞，其实是测试少数reads的NR blast，进行初步的物种鉴定
PhiX
calculate the sequencing error rate- 直接bowtie2往phix reference上比对- 基于bam文件，计算mismatch base占总比对上base的比例，即为sequencing error rate
Reads distribution over genome feature
即对应结题报告中的exon intron reads比例分布饼图
Uniform coverage of genes
即对应结题报告的均一化分布图
ref mapping
基于人或小鼠的基因组以及结构注释进行tophat2比对- 得到基因基因组的比对统计结果Genome mapping statistics-
Ribosomal RNA contamination assessment
流程处理：同之前 + $rate = 1.0，就去除 + $rate 15.0，推荐重新建库
流程其他针对reference分析
差异分析可变剪切最好用flag先存着，默认关闭
Inner distance distribution
即对应QC报告的插入片段分布图+ 确实英文报告部分+ inner distance的含义要解释清楚，如果不好解释就要改脚本，统一成真正意义的插入片段长度统计
ng_qc
流程处理：同之前low quality and uncertain nucleotides reads filteringAdapter contamination reads filtering\t+ 得到clean_reads
Raw data
Correlation of spike-in data
spike-in计算相关系数推荐方法- 直接bowtie2往ERCC ref上比对+ 计算出每条spike-in序列来源reads含量+ 每条reference上的readcount及表达量+ 基于表达量参照差异部分的相关系数计算
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