set test
2016-09-13 10:41:52 0 举报
文献设计思路
作者其他创作
大纲/内容
建模方法具体没说,用内部已经建模好的模型比较建模,侧链用SCWRL
Ninety Percent of Missense Mutations in theSNP-Disease Set Fit the Model With the VastMajority Affecting Protein Stability
Only 10% of disease-causing mutations arenot assigned an effect on function by the model.
过PDB数据库,确定有157有三维结构或者有序列一致性大于25%的蛋白质结构
18种有三维结构,5种序列一致性在42%-77%的氨基酸序列
在1999年收录在dbSNPs中的4360SNPs
这些cSNPs来自高血压候选基因库,whitehead cSNPs数据库主要包含一些心血管疾病,内分泌科,神经精神病学。也通过和PDB数据库比对,并且确定这些变异有结构信息,最后确定了22个蛋白,42种错义变异
The large majority of these mutations (83%) are found to affect protein stability.
构建测试集
随机选择了23个蛋白,包含262错义变异
13种有三维结构,9种序列一致性在61%-92%的氨基酸序列
用protein IDs过HGMD数据库目的获得和人相关的cSNPs,获得557蛋白序列
发生在一般人群中的cSNPs,在那个时候还不知道和什么Disease相关
An implication of the high percentageof missense mutations fitting the model is that most inherited monogenic disease caused bymissense mutations is a consequence of straightforward defects in protein stability andfunction
only 5% of mutations involved inbinding and catalysis
临床上面已经确认cSNP和Disease相关(只包括单基因遗传病)
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