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sRNA流程图
2018-02-28 01:57:09
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sRNA流程图及优化思路
smallRNA 流程图
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大纲/内容
miRNA指标
未比对上的
NAT
sRNA有可能有来自mRNA的降解片段
step3
生成分析目录和脚本
check
miRNA表达及差异分析
gene
miRNA靶基因预测
差异miRNA靶基因富集分析
Category
step2
step1
Map
step4
看样本生物学重复之间的sRNA在Rfam数据库上的物种分布情况
是
miRNA家族分析
sRNA流程分析
哪些配置文件没有准备
这两步可以和target并行
主流程
novel miRNA
建立依赖关系即可
汇总
这三部分可以并行
预测miRNA的靶基因
ncRNA
repeat分析
miRNA二级结构预测
排除法
step5
比对到参考基因组上的
运行流程
否
这一步和Map没有依赖关系
shell目录
配置文件check
生成了一个target脚本
已知miRNA分析
sRNA长度筛选
质控
QC
known miRNA rRNA tRNA snRNA snoRNA repeat NAT-siRNA gene novel miRNA ta-siRNA
report和result
比对Rfam数据库进行分类
ta-siRNA
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