N
Npt in 5ns at T(tmp)
· · · · · ·
91K
97K
Extra Hami Calc
Annealing NPT to T(ref) in 3ns and relaxing in 3ns
Y
计算结束，给出最终报告
Nobond Ev Scan
400K RMSD > 0.08
实验结构是否为相对稳定结构
X1 InitNpt
Gromacs NPT Process
采用90K升温至400K方式进行tempScan，保证低温段采样到初始晶型
RelaxNpt
Min
VolScan
Generate Gromacs Files
SubmitFreeEnergyAutoJob
300K
200K
Results Check
Xn InitNpt
RMSD > 0.3
不同参比之间是否发生结构转变
ff_keysstruct_keysstruct_namesmol_key
TempScan
结果检查
· · ·
InitMin
Nta Rstr Scan
X2 InitNpt
93K
补充100K参比PSCP计算
力场相关性较好
Traj Analysis
Npt in 5ns at T(ref)
400K Structure
Aa Rstr Scan
ReplicaExchange
是否在退火过程或REMD过程中结构采样出现问题
判断“转晶”：通过mercury或first order对结构变化进行分析
PSCP Calculation Process
REMD过程是否达到平衡
200K RMSD > 0.2
skip replica
X3 InitNpt
自由能随温度变化曲线出现转折
Nobond Dihe Scan
PSCP
400K
300K RMSD > 0.16
400K
重新拟合力场，重新计算自由能
Ta Rstr Scan
Bond Bai Scan
Job FAILED
T(tmp)
Anneal
不同参比是否收敛
dGvv
300K Structure
Extend REMD
