12生化-DNA的生物合成
2022-02-06 16:44:31 1 举报
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12生化-DNA的生物合成
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大纲/内容
原核(三长=复制子长+引物长+冈崎片段长)、催化效率高
真核(三短)、催化效率低
DNA复制过程
两个相邻DNA复制起始点之间的距离
(所有遗传信息都包括)
多顺反子(原核转录、翻译)
原核生物单复制子
单顺反子(单核转录、翻译)
真核生物d多复制子
复制子
以DNA为模版➕碱基互补配对原则,化学本质:酶促脱氧核苷酸聚合反应,是基因组的复制过程;具有高保真性(有校对功能)
概念:
❶亲代双链解开,各做模版
及时矫正
修复损伤
DNA聚合酶对碱基的正确选择
高保真性
❷A=T,C三G
❸亲代双链模版存留形式:全保留式,半保留式,混合式
❹亲与子碱基序列一致
❺子代一条来自亲代,一条重新合成
放射性标记2:2∧n-2
半保留复制
DNA双链反向平行,一条5-3,一条也5-3
DNA合成酶只能催化5-3
原因
前导链/领头链:与解链方向一致的连续合成
后随链上不连续合成的新DNA片段
真核(100-200核苷酸残基);原核(1000-2000)
复制完成后,去除引物➡️填补空隙➡️连接成完整DNA长链(RNA酶,连接酶)
处理
冈崎片段
后随链:不连续合成→冈崎片段
机制
半不连续性复制
单复制子(原核生物)
复制子是含有一个复制起点的独立完成复制的功能单位
多复制子复制是真核生物解决庞大基因组复制问题的适应机制
多复制子(单核生物)
双向复制
DNA合成的特征
5‘→3’
N→C(蛋白质方向)
磷酸二酯键3➡️5
方向问题
有高能磷酸键
底物dNTP=dATP、dCTP、dGTP、dTTP
DNA母链
模版
由引物酶催化合成的短链RNA分子
提供3‘-OH末端使dNTP依次聚合
引物(复制起始处)
DnaG
原核生物引物酶
DnaB
解链酶
复制:校对功能,(大片段)3-5外切(切错配)
复制和修补:填补空隙切除突变片段,大片段5-3聚合➕小片段5-3外切酶(切突变)
作用
DNA聚合酶活性➕3-5外切酶活性
合成DNA和进行分子生物学研究常用工具酶
大片段(Klenow片段)
5-3外切酶(独有)活性,将引物RNA和突变DNA片段切掉
小片段
DNA pol I
校正以一为主要
5-3聚合,3-5外切
应急状态的损伤修复
DNA pol II
修复以3为主要
复制延长真正起催化作用的酶
DNA pol III
原核生物:聚合酶ⅠⅡⅢ
催化RNA链合成(引物酶酶活性),辨认DNA新链合成的起始点
α引物酶
复制保真度低,参与应急DNA修复
β
线粒体DNA复制
γ
前导链与后随链合成,错配修复
复制延长中,起主要催化作用
解旋酶活性
δ
=pol III
错配修复
复制中校对修复、填补缺口
ε填补缺口
=pol I
真核生物:αβγδε
DNA pol的碱基选择➕校对功能=复制的保真性
1⃣️碱基互补配对原则
2⃣️pol在复制延长中对碱基的选择功能
原核:pol I
真核:pol δ和pol ε 的3-5外切酶活性
3⃣️校对功能
三种机制实现保真性
DNA复制的保真性
DNA聚合酶:依赖DNA的DNA的聚合酶/DDDP
DNA复制的生物分子
1⃣️多种酶参与DNA解链和稳定单链状态:DnaA,B,C,G,拓扑异构酶
拓扑异构酶
2⃣️拓扑酶改变DNA超螺旋:可水解➕连接磷酸二酯键
DNA分子的拓扑学变化
过程:一个3‘-OH➕一个5’-p末端➡️磷酸二酯键
ATP供能
只连接DNA双链中单链缺口,不连接单独存在的DNA单链或RNA单链
特点
DNA复制
DNA体外重组
DNA损伤修复
用途
DNA连接酶
单链DNA结合蛋白,(保护单链)SSB
DnaA,辨认起始点
理顺DNA链,通过切断旋转再连接作用,正超螺旋➡️负超螺旋
拓扑酶I:切断一股,使解链过程不敢打结,适当时候还可封口,使DNA松弛
无ATP时,切断正超螺旋的DNA双链,使超螺旋松弛
有ATP时,连接断段,使松弛恢复负超螺旋
拓扑酶II:
拓扑酶
DnaB(解旋酶):解开双链
DnaC:运送和协同DnaB
SSB(单链结合蛋白):稳定已解开的单链
相关蛋白
DnaA:辨认起始点并结合AT区
识别区:上游串联重复序列
富含AT区:下游反复重复序列碱基以AT为主,以解链
有固定起始点oric(单个)
Dna A,B,C,SSB
多种蛋白质参与
需DNA拓扑异构酶
DNA的解链
引发体:DnaB,C,G,和DNA的复制起始区域共同形成的复合结构
引发体在DNA链上移动,需ATP
DNApol不能催化两个游离dNTP形成磷酸二酯键,只能催化核酸片段的3‘-OH末端与dNTP的聚合,故引物只能是RNA
引物酶催化生成RNA引物
引物合成和引发体形成
复制起始
引发体:DnaB,DnaC,引物酶DnaG,DNA特定起始点
Dna G(引物酶):催化RNA引物的形成
DNApol III,本质是磷酸二酯键的不断合成
原因:随从链的合成方向与解链方向相反
片段特点:原核(1000-2000核苷酸残基),合成方向5-3,每个片段5‘段均有RNA引物
复制延长
单起点双向复制
起:oriC;终:ter
原核生物是环状DNA
去除引物:RNA水解酶
填补空隙:DNApol I
连接切口:DNA连接酶(耗能)
即冈崎片段的处理
复制终止
子主题 4
原核生物(大肠埃希菌)
起始点:多个
复制单位:多个,复制速度慢
复制方向:双向
参与起始的物质:DNApol a,δ、拓扑酶、复制因子RF、PCNA(增值细胞核抗原,在复制和延长中起关键作用)
发生DNApola/δ转换
就催化速率,比原核生物合成速度慢
真核多复制子复制,整体速度不慢
三级结构
原核生物三级超螺旋
DNA合成后立即组装成核小体
概念:真核染色体线性DNA分子末端结构
维持染色体稳定性➕DNA复制完整性
特点:富含T、G短序列多次重复
端粒
RNA➕Pr组成。特殊逆转录酶,参与端粒合成
包括:RNA➕协同蛋白1➕逆转录酶
提供RNA模版➕催化逆转录:以自身RNA为模版合成互补链
通过一种爬行模型机制维持染色体的完整,不依赖模版的复制(防止染色体线性RNA分子末端缩短)
端粒酶
真核生物(酵母菌,人)
过程
环境:嘌呤最容易脱落
光修复
紫外线:形成嘧啶二聚体共价键(同一条链)
转换:嘌呤与嘌呤,嘧啶与嘧啶
颠换:嘌呤与嘧啶
举例:镰刀细胞贫血(CTC谷氨酸→CAC缬氨酸),错义突变
碱基的置换(可导致氨基酸置换)
无义突变→突变为终止密码子→肽链变短
错义突变→氨基酸突变、镰刀细胞贫血
同义突变→简并性
由于密码子兼并性
碱基错配(点突变):
碱基缺失
碱基插入
移码突变(非3n)读码框移
地中海贫血
重组、重排(较大片段的交换)
类型
DNA损伤
sos修复:紧急修复(精确差、错误高、校对差)
光修复:紫外线嘧啶二聚体
嘧啶二聚体
直接修复
相关酶:DNA糖基化酶,AP核酸内切酶,DNApol I,DNA连接酶
1⃣️识别水解,无碱基的AP位点
2⃣️切除
pol I
3⃣️补
4⃣️连接
碱基切除修复
相关疾病:着色性干皮病XP,人毛发硫营养不良症
核苷酸切除修复(单链)
重组修复(双链)
重组跨越损伤修复
DNA双链发生大片段,高频率损伤时,细胞可以紧急启动应急修复系统(SOS修复)
合成跨越损伤修复
跨越损伤修复
发病机制-DNA修复系统缺陷
常见病:遗传性非息肉性结肠癌,遗传性乳腺癌,着色性干皮症导致的皮肤癌,黑色素瘤
切除修复(最常见)
方式
修复
DNA损伤(突变)与修复
RNA指导的:以病毒基因组RNA或mRNA为模版➡️互补DNA链➡️RNA/DNA杂化双链
RNA水解酶(RNaseH)活性:水解杂化双链中的RNA
DNA指导的:DNA为模板聚合dNTP
三种活性
DNA合成方向:5-3,合成起始需要引物,可以是病毒自身的tRNA
不具有3-5外切酶活性,无校对功能,错误率较高
逆转录酶(依赖RNA的DNA聚合酶)
逆转录病毒:HIV
RNA→①DNA→水解RNA→②单链DNA➡️双链
补充了中心法则
加深RNA病毒致癌,肌肉瘤的认识
逆转录进行基因工程→目的基因(以mRNA为模版,制备cDNA)
不是细菌DNA复制所必须的酶
意义
DNA串联序列和蛋白质
TTAGGG
真核生物具有
逆转录
DNA的生物合成
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