否
序列比对
每个微生物至少2条序列长度≥60bp，且比对分数＞100
微生物检出原始数据
（同属同等级微生物数）level1≤2level2≤4level3≤2
无参考类型样本，人工出具报告
是否为真
筛选level level6菌种
微生物等级是否NA
挑选后的菌种
人工判断是否出具报告
上报的菌种
出具参考报告
原始检测列表
是
NGS检出reads≥3（结核检出reads≥1）
满足条件
安排QPCR实验
断层分布
阴性
不报出
生信序列对比结果
过滤相对丰度≥0.2
NTC对应批次所有检出结核样本及被污染NTC安排结合QPCR实验
生信菌种结果提供区分字段
阳性
筛选level1、2的菌种
病原微生物
耐药基因总数≤10每个物种的耐药基因数≤5每个物种的外排磊类型耐药基因数≤3（按照Reference Cover排序，优先保留可靠性为Perfect的耐药基因）（外派磊通过耐药机制字段查看）
警戒：表示可能存在污染上报：表示确定写入报告不报出：表示确定不写入报告标化reads数：为检出序列数标准化20M总读断数的值。（生信提供）过滤相对丰度：原始结果中微生物的相对丰度。（生信提供）
是否只看生信过滤后结果
检出数量控制同属微生物数≤4
按照样本检出病原reads数从高到低排序，计算相邻两个数的比值，比值最大且比值均小于10
判断是否做耐药
上报耐药
报告筛选下列筛选按照reads数从高到底进行排序
生信提供
报告中优先体现报告中报出3条reads（结核1条reads）重新计算物种相对丰度和覆盖度
疑似，查看生信提供参数确认结果（UT)
筛选每个菌种：同批检出率≥0.7（同一批次每个菌种检出的占比）
生信确认序列是否可信
上报微生物数=0
通过建立定期菌种等级更新流程，代替人工流程
判断同批次下样本检出reads分布
生信给出值
真
分析部发送邮件通知
连续分布
筛选level3菌种
不满足条件
原始检出列表为过滤10倍NTC及黑名单规则后，生信对比为真的微生物列表（生信提供）
（同属同等级）最高reads / 其他病原reads≤10
过滤后检出数据
QPCR结果需要上报的菌种，替换掉末尾菌种
是否为“表达量相关”或“点突变”耐药基因（界面备注字段）
真（TT、-T）
样本检出异常
满足复合群对应关系的耐药基因需展示
生成报告文件、概述
警戒
检出数量控制
不满足条件数据
疑似背景生物
微生物等级是否为level 1、2、3、6
同属微生物数≤4&检出微生物数≤10
NTC是否检出结核分支杆菌复合群
连续分布中排名非前2样本标记为“疑似污染”
特殊病原体，参考excel
初步过滤status=1
按照样本检出病原reads数从高到低排序，计算相邻两个数的比值，比值最大且比值≥10的位置，其较大reads数及更高的reads数的病原可保留。
是否在已选定致病菌种范围内
“微生物个数”或“致病菌个数”大于阈值且实验室质控DNA总量＜3（不同样本类型对应的阈值不同，具体参考excel）
挑选断层上方样本
QPCR流程
9倍对应NTC检出reads ≤标化reads≤13倍对应NTC检出reads
复合群分型结果文件
假
默认是
NA样本有参考类型的，可直接更新样本等级数据库
检出数量控制报告病原微生物数≤15细菌数≤10每个类别优先保留2个微生物（细菌、真菌、病毒、寄生虫、分枝杆菌）
人为确定
特殊流程提示临床
报告中优先体现NGS检出无相对丰度，重新计算相对丰度
参考样本类型，参考excel
NGS检出阳性
所有检出数据
菌种检出数量控制前置条件判断哪些菌种可以上报或不报出
生信给出序列比对的相关数值和图，以及阈值判断规则
样本类型中微生物等级均为level NA，参考其他相近样本类型中微生物等级出具报告
原始样本是否有剩余
微生物等级是否为level 4
对应RNA报告的出具
断层下方样本标记为“疑似污染”
此流程分支主要判断哪些菌种需要QPCR实验
是否检出特殊病原体
报出致病微生物无变化
是否检出结核分枝杆菌复合群/鸟分枝杆菌复合群/鲍曼不动杆菌复合群/阴沟肠杆菌复合群
可靠性是否为Perfect
核算检出序列在NCBI进行BlastX比对
其他病原不报出
尝试建立流程，总结阈值来判断
重新实验
假（FF、-F、UF、TF、FT）
鲍曼不动杆菌复合群的规则与鲍曼不动杆菌一致
QPCR复合结果
