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2023-05-06 17:39:40
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环糊精与药物分子对接
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大纲/内容
Autodock编辑药物小分子：加氢、计算电荷数、选择root和可旋转键
PymolOpen Babel GUIChemOffice转换处理分子结构文件，输出PDB或MOL2格式文件
运行AutoGrid生成受体网格，生成对接参数文件
对接box确定
得到小分子药物、大分子环糊精的pdb文件
Pubchem、PDB下载模型药物/环糊精的sdf文件
保存PDBQT文件
Autodock编辑CD大分子：加氢、计算电荷数、添加原子类型等
运行AutoDock，搜索最优构象，得到对接结果DLG文件
界面查看结合构象，按最小结合能排列，保存绝对值最大构象PDBQT文件
下载开源版对接软件，建立工作目录
Pymol三维可视化处理
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