bowtie
2017-04-06 13:52:07 0 举报
Bowtie是一种用于分析高通量测序数据的生物信息学工具。它主要用于比对测序数据与参考基因组,以确定基因的位置和表达水平。Bowtie具有高效、准确和灵活的特点,可以处理大量的测序数据,并且支持多种比对算法和参数调整。此外,Bowtie还提供了丰富的功能,如SNP检测、转录本组装和变异分析等,使其成为高通量测序数据分析的重要工具之一。无论是在基础研究还是临床应用中,Bowtie都发挥着重要的作用,帮助科学家们更好地理解生物体的基因组结构和功能。
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大纲/内容
临时设置bowtie_alignment_option
根据t_mapping记录日志
行2521
根据mapping_type设置t_mapping、sam_header_filename、genome_sam_header_filename
行2546~2555
行2840~2860
存在unzip_proc
判断use_zpacker
执行bam2fastx解压
行2624~2652
重建命名管道
行2819~2820
判断m2g结果
判断t_mapping
执行fix_map_cmd | m2g_cmd(m2g进程为pipeline_proc)
multihits_out非空并且未生成对应文件
执行bowtie_cmd
解压结果按1百万条/份来拆分生成对应拆分文件
返回mapped_reads和unmapped_reads_out
行2761~2765
判断use_FIFO
use_zpacker并且reads_file为z文件
行2926
行2830~2834
行2537~2539
行2918~2919
由reads_list[0],即left read生成readfile_basename
设置unzip_cmd
行2587~2593
行2653~2654
设置额外的bowtie参数 fixmap参数
判断resume_skip
行2575~2583
退出程序
返回mapped_reads、unmapped_reads_out
行2822
触发spark执行
行2523~2535
行2865~2880
根据color生成其余bowtie参数
行2556~2558
通过管道执行zipper
释放命名管道
行2766~2777
seg_mapping并且不是bowtie2
根据bowtie版本和t_mapping设置fix_map_cmd
执行prep_reads(unzip_proc进程)
生成对应文件
设置mapped_reads、unmapped_reads_out
行2655~2746
执行unzip_cmd解压(unzip_proc进程)
行2913~2917
行2921~2923
行2825~2828
multihits_out非空
新版逻辑
行2607~2622
判断bowtie版本
行2519
行2560~2573
行2541~2544
行2824
还原bowtie_alignment_option
不存在unzip_proc时执行bowtie_cmd
行2748~2760
判断bam_input
行2595~2605
由bwt_idx_prefix参数生成bwt_idx_name
out_bam设置为管道输出到map2gtf
原版逻辑
等待spark完成
执行完则中止程序
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