tophat

2017-04-06 13:52:07   0  举报

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Tophat是一款基于Java的开源工具，主要用于RNA-seq数据中的转录本装配。它通过将测序reads比对到参考基因组，然后使用一种称为”顶帽”的策略来识别和连接同一条转录本上的多个reads，从而实现对转录本的完整组装。Tophat不仅能够提高转录本的覆盖度，还能够检测到新的转录本和剪接变体。此外，Tophat还支持多种比对工具，如Bowtie、BWA和STAR，以及多种输出格式，如SAM、BAM和CRAM。因此，Tophat是RNA-seq数据分析中不可或缺的工具之一。

作者其他创作

大纲/内容

执行前的校验

设置各文件、文件夹的变量

行4307

行4411

行4308~4337

针对左右两份read执行原bowtie

读取文件

1. /align_summary.txt2. /accepted_hits3. /unmapped4. /junctions.bed5. /insertions.bed6. /deletions.bed7. /fusions.out

行4369~4370

index路径

行4460~4502

新版逻辑

tmp/UNZIPPED.TXT，拆分成tmp/bt-part/下多个文件

1. tmp/segment.juncs2. tmp/segment.insertions3. tmp/segment.deletions4. tmp/segment.fusions

判断prefilter_multi

行4009~4016

检测bowtie和samtools设置

split_reads因上步忽略了unmap，所以实际不执行

按需生成bowtie_index

1. tmp/left_kept_reads.mapped.bam2. tmp/left_kept_reads.mapped.bam.index3. tmp/left_kept_reads_unmapped.bam4. tmp/left_kept_reads_unmapped.bam.index(实际忽略了3和4不生成)

1. prep_reads.info2. tmp/left_kept_reads.bam3. tmp/left_kept_reads.bam.index4. tmp/*.bwt.samheader.sam

重建hdfs上与tmp_dir对应目录

行4506~4509

行4516~4522

行4549~4572

bam2fastx

按需上传index文件和bwt.samheader.sam到hdfs

原版逻辑

tmp/left_kept_reads.bam

执行compile_reports

执行prep_reads

行4598