基因组学第二三章
2021-03-09 20:43:00 1 举报AI智能生成
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基因组学第二三章的思维导图
作者其他创作
大纲/内容
基因组测序技术
DNA复制
DNA聚合酶Ⅰ
测序用的DNA聚合酶
测序
第一代测序
1)间断测序(双脱氧核苷酸)2)单一测序(单一模板DNA)3)携带标记(同位素或荧光)4)限长测序(长度有限)
Sanger测序
第二代测序
1）连续测序（焦磷酸反应)2）平行测序（芯片设计)3）自动化测序（荧光判读)4）高通量测序(达到Gb级)
焦磷糖测序
第三代测序
1)基于单分子DNA合成的实时测序2)纳米孔单分子DNA电流阻遏(current blockage)测序;3)纳米孔单分子DNA碱基序列的电子阅读。目前单分子DNA测序技术总体上极不成熟。
全基因组测序
鸟枪法测序
将基因组DNA随机断裂后克隆，随后根据载体插入位点序列设计通用引物自动化两端测序。两端序列为读序，可输入计算机拼接为重叠群(Contig)。
1）流感嗜血杆菌基因组测序
2）人类基因组测序
3）水稻基因组测序
质量判断
基因组DNA随机克隆后，采取克隆DNA两端测序。获得的测序称为读序(reads )可以根据序列的重叠依次排序组成重叠群(Contig）。这些Contig的质量判断引入了一个统计学的估算，即Contig N50。大于Contig N50的重叠群可被入选，进入下一步的组装。
基因组学第二三章
遗传图
遗传图距
染色体标记
相对位置
分子路标（染色体标记）
座位
染色体上经遗传分析确定的某个位置
位点
位点是指基因组物理图上某一确定的DNA顺序
最早发现的分析路标RFLD
1) 处于染色体上的位置相对固定;
2) 同一亲本及其子代相同位点上的多态性片段特征不变;
3）同一凝胶电泳可显示等位区段不同多态性片段，表现为共显性。
4）需要用Southern杂交检测显示。
第二代分子标记SSR
如何检测
根据保守序列设计引物
1）在基因组中分布均匀;2) 可用DNA测序凝胶直接显示，检测方便;3）杂合子DNA多态性表现共显性;4）群体中SSR标记的多态性信息量高。
SNP标记
群体多态性组成频率(PIC)
大肠杆菌遗传作图
分子标记按多态性频率大小排列:SNP>SSR > RFLP
物理图
图位克隆或定位克隆
实物图
物理距离
大分子DNA
制备——琼脂糖包埋法酶切——稀有酶切位点限制酶分离——脉冲电泳分离克隆——载体设计
叠连群
获得大分子DNA克隆后，必须将彼此重叠的大分子DNA克隆依次排列。由连续重叠的一组克隆DNA组建的克隆群称为叠连群或重叠群( contig )，是初始的基因组物理图。
辐射杂种
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