1.定量结构活性关系(QSAR)
配体的结构性质与其结合的靶标的活性之间的关系（OECD QSAR<br>Toolbox、CORAL、PhramQSAR、AutoQSAR、GUSAR）
电子效应、疏水效应、空间效应和亚结构效应
过程
数据收集：收集具有已知生物活性的化学物质的结构数据和活性数据
分子表示：将化学物质的分子结构转换为可用于统计分析的数值特征
数据预处理
模型构建、评估、优化
新化合物的预测：使用优化后的模型对新化学物质的生物活性进行预测<br>
验证
2.药效团模型
根据IUPAC的定义，药效团是“实现与特定生物靶标的最佳超分子相互作用并触发或防止其生物反应所需的空间和电子性质的集合”，药效团是对生物大分子识别配体所需的结构性质的抽象描述（LigandScout、Catalyst、PharmMapper、Pharmer、Phase)
选择训练集：选择一组已知与靶标蛋白结合的配体作为训练集
构象生成：为训练集中的每个配体生成一系列构象，以反映配体的构象灵活性
配体对接：将训练集中的配体对接到靶标蛋白的三维结构上，以确定配体与受体之间的相互作用模式
特征提取：从对接后的配体构象中提取化学特征，这些特征反映了配体与受体之间的相互作用模式
模型构建、评估：使用统计学方法建立药效团模型
新化合物的预测：使用优化后的药效团模型对新化学物质的活性进行预测
