模型建立（疾病动物模型、动物成瘤模型、基因编辑动物）
1、蛋白质提取和肽段酶解2、TMT标记（100ug肽段/样本）3、SCX色谱分级4、LC-MS/MS数据采集5、蛋白质鉴定和定量分析6、生物信息学分析
可验证20个左右目标蛋白
正常对照组
进一步分子生物学实验验证，深入探究分子作用机制
1、GO功能和KEGG通路注释2、差异表达蛋白筛选3、差异表达蛋白质聚类分析4、差异表达蛋白质GO功能富集分析5、差异表达蛋白质KEGG通路富集分析6、蛋白质相互作用网络分析
初步验证
平行反应监测（PRM）技术验证目标蛋白
1、筛选潜在Biomarker2、寻找可能的分子机制
疾病组/药物处理组
生物信息学分析
细胞实验
结合研究课题深度解析生物信息学分析结果
TMT/iTRAQ标记定量蛋白质组分析
细胞表型分析（细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡、细胞周期）
基因敲除/过表达细胞稳定株构建
1、病理切片检测2、生理生化指标检测3、表型特征鉴定4、临床数据收集
动物模型（可选）
1、确定关键蛋白质2、确定关键信号通路3、确定需要验证的蛋白质
基础研究数据收集
蛋白细胞定位/免疫组免疫荧光检测
筛选差异表达蛋白质
Rescue补救实验（可选）表型补救+机制补救（单因素自补救/多因素旁补救）
生理检测、病理监测、行为测试
